瓜尔胶就分子结构来说是一种非离子多糖，它以聚甘露糖为分子主链，D-吡喃甘露糖单元之间以β（1-4）苷键连接。而D-吡喃半乳糖则以α（1-6）键连接在聚甘露糖主链上。瓜尔胶中甘露糖与半乳糖单元之摩尔比为2∶1，即每隔一甘露糖单元连接着一个半乳糖分支。文献中报道，瓜尔胶的分子量在220000左右。瓜尔胶分子的特点便是与纤维素结构非常相似，这种相似性使它对纤维素有很强的亲和性，称之为直接性（substantivity）。