净化多在色谱柱上进行，脱色炭是GH-15颗粒炭，离子树脂是阴、阳树脂。柠檬酸净化液的浓度仅20%~25%，只有浓缩到70%以上才能进行结晶。浓缩时温度不能过高，以免柠檬酸分解，净化液的浓缩可在负压下进行，为了节能，可采用双效或三效蒸发器。浓缩分2段进行，第1次浓缩后，放入沉降槽中保温沉降，再除去大部分石膏；第2次浓缩液含柠檬酸约80%，及时放料结晶。第2次浓缩可用升降式或括板式蒸发器，以减少料液和热媒的接触时间，可提高产品质量。结晶方式不同可得不同产品，一水柠檬酸的结晶是将80%溶液，温度在55 ℃时，在结晶器中搅拌下自然冷却，当温度降至40 ℃时，加入晶种，开始结晶，控制温度不超过36 ℃，此时产品为一水柠檬酸；如果溶液在60 ℃条件下浓缩到83%，冷却至46 ℃加入晶种，维持温度在40~60 ℃慢慢结晶，最终降到38 ℃，产品为无水柠檬酸。晶膏分密离心得结晶状的商品柠檬酸。